Parece que no ha bastando con usar la versión del SVN de Mplayer/Mencoder para solucionar los problemas: al generar DVDs en formato PAL, en algunos casos lo hace en blanco y negro, amén de otros pequeños problemas.
Ante ésto he preferido curarme en salud y he retrocedido a la versión 0.99pre8; para ser más exactos, la que venía en Ubuntu Edgy. Dicha versión funcionó siempre razonablemente bien.
Para evitar más problemas de dependencias, he preferido empaquetar sólo los ejecutables en un tar.bz2, e incluir un script que sustituya los que ya haya en el sistema por los «nuevos». Esto lo hace, además, compatible con cualquier distribución, y no sólo con Ubuntu.
Actualización: por petición popular he añadido otro paquete con Mplayer/Mencoder para 64 bits.